Prácticas de R y Bioconductor sobre Secuenciación

Esta página contiene las sesiones prácticas que veremos durante mi parte del curso. Todo el material seguirá estando disponible después del curso, para que puedan regresar a revisarlo.

    Instalando R y Bioconductor

  1. Introducción a R

  2. Introducción a R - parte 2


  3. Manipulación de secuencias con R y Biostrings


  4. Procesamiento de archivos crudos de secuenciación (FASTQ)

  5. Mapeo de secuencias cortas (Bowtie)

  6. Anotación genómica y alineamientos en SAM/BAM


  7. Ensamble de novo de transcritos con Trinity


  8. Expresión diferencial para datos de secuenciación


Cei Abreu (cei{at}langebio{dot}cinvestav{dot}mx)


Ligas útiles

R & BioConductor
Linux/Unix
Sequencing